No Banco do Nordeste, a prática da Governança Corporativa se orienta pela busca da transparência para os acionistas, o mercado e a sociedade, pelo cumprimento das leis, normas e regulamentos  do sistema financeiro nacional e pela gestão institucional efetivada em modelos que garantam o cumprimento da sua missão e a geração de resultados positivos.

Para o Banco, o fomento ao desenvolvimento deve-se compatibilizar com a otimização dos seus resultados e preservar as expectativas dos acionistas minoritários.

O sistema de gestão conta com: Auditoria Interna; Unidade de Controladoria – responsável pela estruturação e análise de informações econômico-financeiras do Banco; Unidade de Controles Internos – responsável pela conformidade das operações e negócios do Banco com os dispositivos legais, regulamentos internos e a política da Empresa; Auditoria Externa Independente; o Conselho de Administração e o Conselho Fiscal.

Como sociedade de economia mista, o Banco do Nordeste está subordinado à fiscalização do Tribunal de Contas da União e da Secretaria Federal de Controle Interno.